The Bijvoet Medal of the Bijvoet Center for Biomolecular Research is awarded to scientists with an outstanding contribution to furthering the fields of biomolecular chemistry and/or structural biology. The recipients of the Bijvoet Medal are:
- 1989: Jack D. Dunitz
- 1989: Brian R. Reid
- 1989: Nathan Sharon
- 1989: Hartmut Michel
- 1990: Isabella L. Karle
- 1991: Binne Zwanenburg
- 1991: Joachim Seelig
- 1992: The family of Johannes Martin Bijvoet
- 1993: Adriaan Bax
- 1993: Hans Paulsen
- 1997: Fred McLafferty
- 1998: Ivano Bertini
- 2000: Brian T. Chait
- 2000: Johannes F.G. Vliegenthart
- 2001: Nicolaas Bloembergen
- 2002: Christopher M. Dobson
- 2004: Roderick MacKinnon
- 2006: Rob Kaptein
- 2007: Rien de Bie
- 2008: Kurt Wüthrich
- 2008: Alan Fersht
- 2008: Tony Kouzarides
- 2008: Patrick Cramer
- 2008: James C. Paulson
- 2008: Bernd Bukau
- 2008: Wolfgang Baumeister
- 2008: Matthias Mann
- 2010: Ari Helenius
- 2013: Peter Roepstorff
- 2013: Keith Wilson